Chistul Baker apare secundar unei alte leziuni la genunchi, de exemplu, un ligament rupt sau leziuni meniscale. De asemenea, frecvent, se poate forma in urma unei interventii chirurgicale la genunchi sau secundar unei boli inflamatorii sau gonartrozei. Intre cavitatea articulara a genunchiului si chist se creeaza un "efect de valva" controlat prin flexia si extensia genunchiului contribuind astfel, la strangerea lichidului sinovial in fosa poplitee. Pentru un diagnostic corect poate fi necesar efectuarea unui examen RMN.

Antiinflamatoarele nesteroidiene ajuta la reducerea inflamatiei si la minimizarea presiunii resimtite in articulatia genunchiului, insa sunt recomandate pentru perioade scurte de timp, 7-14 zile maxim. 

Uneori, un chist Baker poate fi tratat prin indepartarea excesului de lichid din genunchi, cu ajutorul unei injectii cu cortizon, insotita sau nu de drenarea lichidului. Acest tratament reduce rapid inflamatia, dar, zona poplitee fiind o zona cu multe vase de sange importante care trebuie evitate, face ca injectia cu cortizon sa fie totusi riscanta.

Gheata aplicata local reprezinta unul dintre cele mai bune remedii impotriva chistului Baker. Insa este un tratament de durata, de pana la 2-4 saptamani, in sesiuni de cate 5-10 minute, de 3-5 ori pe zi. Intotdeauna se va pune un prosop subtire intre gheata si zona pe care se aplica. 

Efectuarea exercitiilor fizice ajuta la reducerea inflamatiei  genunchiului.

Astfel, exercitiile de tonifiere (intarire) a musculaturii din jurul articulatiei genunchiului, ajuta la dispersia lichidului si atenueaza acumularea ulterioara de presiune si lichide. Exercitiile fizice care presupun intinderea musculaturii (stretching) imbunatatesc mobilitatea in articulatia genunchiului.

Fizioterapia, in mod special ultrasunetele si laserul, contribuie la reducerea inflamatiei. 

Inlaturarea chistului Baker prin interventie chirurgicala este o optiune de tratament rar utilizata deoarece, de cele mai multe ori, chistul apare secundar unei alte leziuni a genunchiului. Astfel este posibil sa se intervina chirurgical pentru tratarea afectiunii de baza care a dus la formarea chistului, cum sunt leziunile ligamentelor sau ale meniscului, secundar resorbindu-se si chistul Baker. 

➢ Odihna frecventa a picioarelor, pe parcursul zilei, ajuta la atenuarea inflamatiei si la prevenirea presiunii suplimentare pe genunchi. 

➢ In timpul odihnei, se poate aplica putina gheata pe partea din spate a genunchiului pentru a reduce inflamatia.

➢ Elevatia poate fi de ajutor, asa ca incercati, atunci cand va odihniti, sa ridicati piciorul pe o perna sau suport, de preferat deasupra nivelului inimii. 

➢ Cand stati in picioare pentru perioade lungi de timp, ciorapii compresivi care acopera genunchiul, asigura o buna circulatie sangvina.

➢ Evitati orice exces de gimnastica aerobica, jogging sau exercitii cu greutati pana cand chistul este complet vindecat pentru a nu provoca presiune nejustificata in zona genunchiului.

Exista si situatii cand chistul Baker dispare de la sine, fara tratament suplimentar, in special la persoanele a caror organism este capabil sa isi revina rapid dupa o leziune.